BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对工具。它主要用于在大规模的核酸或蛋白质数据库中搜索与查询序列相似的序列。
BLAST的工作原理是基于局部比对算法。当用户提交一个查询序列时,BLAST会将这个序列与数据库中的每一个序列进行比较,找出那些与查询序列有较高相似度的部分。这些部分被称为“高分区域”或“显著性匹配”。
BLAST的结果通常以表格的形式展示,包括每个匹配序列的名称、其在数据库中的位置、与查询序列的相似度得分、以及E值(预期值)等信息。E值是一个统计学参数,用于评估匹配的随机性。E值越小,说明匹配的可靠性越高。
BLAST有许多不同的版本,包括blastn(用于DNA序列)、blastp(用于蛋白质序列)、blastx(用于六读码框架翻译的DNA序列)和tblastn(用于蛋白质序列对六读码框架翻译的DNA数据库)等。每种版本都针对特定类型的序列比对进行了优化。
总的来说,BLAST是一个强大的工具,它使得科学家能够快速而有效地从大量的生物序列数据中获取有用的信息,对于基因功能预测、进化分析、疾病研究等领域都有着重要的应用价值。