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生物信息数据库

1 生物信息学概述 1.1 生物信息学定义和历史 1.2 生物信息学的应用领域 2 基因组学数据库 2.1 NCBI基因组数据库 2.1.1 GenBank 2.1.2 RefSeq 2.1.3 dbSNP 2.2 Ensembl 2.3 UCSC基因组浏览器 2.4 EMBL-EBI基因组资源 2.5 其他基因组数据库 3 蛋白质序列和结构数据库 3.1 UniProt 3.2 Pfam 3.3 SMART 3.4 CATH 3.5 SCOP 3.6 InterPro 4 非编码RNA数据库 4.1 miRBase 4.2 piRNABank 4.3 snoRNABase 4.4 Lncipedia 4.5 Rfam 5 表观遗传学数据库 5.1 ENCODE 6 微生物数据库 6.1 NCBI微生物数据库 7 生物化学和代谢途径数据库 7.1 KEGG 7.2 Reactome 7.3 BioCyc 7.4 MetaCyc 8 医学和临床数据库 9 分子互作数据库 9.1 STRING 9.2 IntAct 9.3 MINT 9.4 BioGRID 9.5 iRefIndex 10 生物医学文献数据库 10.1 PubMed 10.2 Scopus 11 数据挖掘和分析工具 11.1 BLAST 11.2 HMMER 11.3 MAFFT 11.4 Jalview 11.5 Cytoscape 11.6 Galaxy 12 生物信息学软件和编程语言 12.1 R语言 12.2 Python 12.3 Perl 12.4 Biopython 12.5 Bioconductor
首页 教程 生物信息数据库 PubMed
PubMed是美国国立医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一个免费搜索引擎,专门用于检索MEDLINE数据库中的生物医学文献。MEDLINE是全球最大的生物医学文献数据库,包含了超过2600万篇经过严格筛选和评估的科学文章。 PubMed的主要功能包括搜索、过滤和排序MEDLINE中的文献。用户可以输入关键词、作者名、期刊名或PMID(PubMed唯一标识符)进行搜索。此外,PubMed还提供了一系列过滤器,帮助用户根据日期、语种、出版类型、研究领域等标准筛选搜索结果。用户还可以根据相关性、发表日期、作者等标准对搜索结果进行排序。 除了基本的搜索功能外,PubMed还提供了许多其他有用的功能。例如,PubMed可以生成引文报告,显示一篇文章被引用的次数;PubMed还支持通过电子邮件或RSS订阅新的搜索结果;此外,PubMed还提供了与全文文献相关的链接服务,可以帮助用户获取全文文献。 总的来说,PubMed是一个非常强大且实用的生物医学文献搜索引擎,为全球的科研人员和医生提供了便捷的文献检索服务。 10.2 Europe PMC Europe PMC是一个开放获取的生物医学文献数据库,它是由欧洲分子生物学实验室(EMBL-EBI)和欧洲生命科学联盟(ELIXIR)共同维护的。这个数据库的目标是为全球的研究者提供一个可以免费访问、搜索和下载生物医学研究文献的平台。 在Europe PMC中,你可以找到大量的科研文章、预印本、书籍章节、专利和其他类型的文献。这些文献涵盖了生物学、医学、化学、物理学等多个领域。此外,Europe PMC还提供了对PubMed、MEDLINE、EMBL等其他数据库的链接,方便用户查找更广泛的信息。 除了提供文献检索服务外,Europe PMC还提供了一些额外的功能。例如,它有一个全文文本挖掘工具,可以帮助用户快速定位和提取文献中的关键信息。此外,它还有一个引文追踪工具,可以帮助用户了解一篇文献的引用情况和影响力。 总的来说,Europe PMC是一个非常有用的资源,对于生物医学领域的研究者来说尤其重要。它不仅提供了大量的文献资源,还提供了一系列的工具和服务,可以帮助研究者更好地进行科研工作。 10.3 Web of Science Web of Science是由科睿唯安(Clarivate Analytics)开发的一款科研信息检索工具,它包含了一系列引文数据库,旨在帮助研究人员、学者和科学家在全球范围内搜索、分析和发现高质量的科研文献。Web of Science的核心功能包括: 1. 文献检索:Web of Science提供了广泛的检索选项,用户可以根据作者、标题、关键词、出版年份等进行精确或模糊检索。同时,Web of Science还支持布尔逻辑运算符和高级检索语法,以便进行复杂的检索。 2. 引文追踪:Web of Science的一个重要特点是其引文索引功能。用户可以查看一篇文章被引用的情况,以及哪些文章引用了这篇文章。这有助于了解研究领域的最新动态,跟踪学术思想的发展脉络。 3. 数据分析:Web of Science提供了各种数据分析工具,如期刊引证报告、高被引论文、热点论文等,可以帮助用户评估研究成果的影响,了解学科发展趋势。 4. 科研合作:通过Web of Science,用户可以查找潜在的合作者,探索跨学科的合作机会。 5. 学术影响力评估:Web of Science提供的引文数据是许多学术评价体系的重要依据,如影响因子、H指数等。 6. 全球覆盖:Web of Science收录了全球数以万计的学术期刊、会议录、图书等,涵盖了自然科学、社会科学、艺术和人文科学等多个领域。 总的来说,Web of Science是一个强大的科研信息检索平台,对于科研人员来说,是进行学术研究、发表论文、申请项目等不可或缺的工具。

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