CHIP-qPCR,全称Chromatin Immunoprecipitation followed by quantitative PCR,是一种结合了染色质免疫沉淀(ChIP)和定量PCR(qPCR)的技术。这是一种用于研究特定蛋白质与基因组DNA相互作用的实验方法。
在CHIP-qPCR中,首先利用抗原-抗体反应将细胞核内的蛋白质-DNA复合物特异性地沉淀下来,然后通过逆转交联和DNA纯化,得到与目标蛋白质结合的DNA片段。这些DNA片段通常代表了目标蛋白质可能调控的基因位点。
接下来,使用qPCR技术对这些DNA片段进行定量分析。qPCR可以在短时间内对大量样本进行精确的定量,因此可以用来确定目标蛋白质在不同条件下的结合强度变化,或者比较不同蛋白质对同一基因位点的结合强度差异。
CHIP-qPCR的优点在于它可以提供基因组水平上的蛋白质-DNA相互作用信息,并且具有较高的灵敏度和特异性。但是,它的缺点是需要知道目标蛋白质的信息,并且只能分析已经知悉的基因位点,对于未知的基因位点则无法检测。
总的来说,CHIP-qPCR是一种强大的工具,可以帮助我们理解基因表达的调控机制,揭示疾病的发生机制,以及为药物开发提供新的线索。