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转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 ENSEMBL
ENSEMBL是一个生物信息学数据库和软件系统,用于存储、分析和展示基因组级别的数据。它是欧洲分子生物学实验室(EMBL-EBI)和威康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)的合作项目。 ENSEMBL的创建始于1999年,其目标是为科学家提供一个可访问、可搜索和可视化的基因组资源库。它包含了多种模式生物的基因组信息,包括人类、小鼠、大鼠、果蝇、斑马鱼、线虫等。这些信息包括基因的位置、结构、功能注释以及相关的转录本、蛋白质和突变数据。 除了提供基因组数据外,ENSEMBL还提供了许多工具和接口,使得研究人员可以方便地进行基因组浏览器、序列比对、基因注释、进化分析等工作。此外,ENSEMBL还与其他生物信息学资源(如UniProt、Reactome等)进行了集成,使得用户可以从一个地方获取到全面的信息。 总的来说,ENSEMBL是一个非常重要的生物信息学资源,对于基因组学、生物医学研究以及药物研发等领域都具有极高的价值。 8.5 NCBI Gene NCBI Gene是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)维护的一个数据库,主要存储关于基因的信息。这个数据库包含了各种生物的基因信息,包括人类、动物、植物、微生物等。 在NCBI Gene中,每个基因都有一个唯一的标识符,称为GeneID。通过GeneID,研究人员可以查询到关于该基因的详细信息,包括基因的位置、结构、功能、相关的疾病等。此外,NCBI Gene还提供了与其他NCBI数据库(如PubMed、GenBank、Protein数据库等)的链接,使得研究人员可以方便地获取更多相关的信息。 NCBI Gene的数据来源非常广泛,包括科研人员的投稿、公共数据库的导入以及其他研究机构的合作。为了保证数据的质量和准确性,NCBI有一套严格的数据审核和更新流程。 总的来说,NCBI Gene是一个非常重要的生物信息学资源,为全球的科研人员提供了丰富的基因信息,对于基因组学、遗传学、生物医学等领域的发展起到了重要的推动作用。

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