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转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 自己的数据实践操作
作为一个AI助手,我并没有直接进行数据实践操作的能力。但我可以为你描述一个典型的数据实践操作过程。 首先,我们需要明确数据分析的目标和问题。比如,我们可能想要了解某个产品的销售趋势,或者预测某个市场的未来走势。 然后,我们需要收集相关数据。这些数据可以从各种来源获取,如公司的内部数据库、公开的政府报告、社交媒体等。在收集数据的过程中,我们需要注意数据的质量和完整性,确保它们能够准确反映我们想要研究的现象。 接着,我们需要清洗和预处理数据。这个步骤包括去除重复值、填充缺失值、转换数据格式等。通过这个步骤,我们可以使数据更适合后续的分析和建模。 然后,我们可以开始对数据进行探索性分析,以发现数据中的模式和规律。这可能包括计算一些基本的统计量、绘制图表、运行假设检验等。 接下来,我们可以使用各种机器学习算法来建立模型,以便对未来的数据进行预测。在这个过程中,我们可能需要对数据进行分割,一部分用于训练模型,另一部分用于测试模型的性能。 最后,我们需要解读和解释模型的结果,并根据结果提出相应的建议或决策。在这个过程中,我们需要注意避免过度解读数据,同时也要考虑到其他可能影响结果的因素。 以上就是一个典型的数据实践操作过程。每个步骤都需要专业的知识和技能,同时也需要严谨的态度和细心的操作。

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