创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号:z_gqing
微信二维码:

转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具
转录组学是一种研究细胞中基因表达水平的学科,它通过分析RNA序列来揭示基因的功能和调控机制。在转录组学研究中,数据可视化是非常重要的一步,因为它可以帮助研究人员更好地理解和解释大量的数据。以下是几种常见的转录组学数据可视化工具: 1. 热图:热图是一种常用的可视化方法,可以展示大量基因的表达情况。在热图中,每个基因是一个单元格,颜色表示该基因的表达水平,通常使用绿色表示低表达,红色表示高表达。通过观察热图,研究人员可以快速找出哪些基因在不同条件下有不同的表达模式。 2. 火山图:火山图是一种用于显示差异表达基因的统计显著性和表达变化幅度的图形。在火山图中,每个点代表一个基因,x轴表示基因表达的变化倍数(例如对照组与实验组的比值),y轴表示统计显著性(例如p值或q值)。火山图可以帮助研究人员快速找出具有显著差异表达的基因。 3. PCA(主成分分析):PCA是一种多元统计分析方法,它可以将高维数据转化为低维数据,以便于可视化和理解。在转录组学中,PCA通常用于探索样本之间的关系和聚类。在PCA图中,每个点代表一个样本,距离越近的样本在基因表达上的相似度越高。 这些可视化工具都有其独特的优点,可以帮助研究人员从不同的角度理解和解释转录组学数据。

官方微信
点击收藏 编辑日记
木牛零码 Newmer生信 公司产品 意见反馈 联系我们 关于我们 招合伙-招聘-兼职
Copyright © 2021-2024 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2