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转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 转录组之稳健性分析
转录组学是研究细胞在某一特定时间点所有基因表达情况的学科。通过高通量测序技术,我们可以得到大量的转录本数据,然后进行生物信息学分析,以揭示基因表达的规律和机制。 然而,由于实验条件、样本处理、数据分析方法等多种因素的影响,转录组数据可能存在一定的偏差和噪声。因此,稳健性分析就显得尤为重要。 稳健性分析主要包括以下几个方面: 1. 数据质量控制:这是稳健性分析的第一步,主要是对原始数据进行质量检查,去除低质量的数据,保证后续分析的准确性。 2. 异常值检测:通过统计学方法检测是否存在异常值,异常值可能会对结果产生较大影响,需要进行适当的处理。 3. 多次重复实验:通过多次重复实验,可以提高结果的稳定性和可靠性。例如,可以比较不同批次或者不同实验室的结果,看其是否一致。 4. 稳健性统计方法:使用一些具有抗噪声能力的统计方法,如Robust PCA(鲁棒主成分分析)等,可以提高结果的稳健性。 5. 结果验证:除了通过生物信息学方法进行分析外,还可以通过实验方法,如qPCR、原位杂交等,对结果进行验证,进一步提高结果的可信度。 总的来说,转录组之稳健性分析是为了减少实验误差,提高数据分析的准确性和可靠性,从而更好地理解和解释基因表达的规律和机制。

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