featureCounts是一款用于RNA-seq数据分析的软件,主要用于计算每个基因或者转录本在每个样本中的reads数。它是subread包中的一部分。
在RNA-seq数据分析中,我们首先要将原始测序数据比对到参考基因组上,然后统计每个基因或者转录本上的reads数,这个过程就叫做计数(counting)。featureCounts就是用来进行这个步骤的工具。
featureCounts的主要优点有:
1. 快速:由于使用了高效的算法,所以处理速度非常快。
2. 精确:通过考虑序列的配对信息、质量信息以及重复区域的信息,可以更准确地进行计数。
3. 灵活:支持多种类型的输入文件,包括BAM、SAM和BED等格式,并且可以处理单端和双端测序数据。
4. 易用:提供命令行和图形界面两种操作方式,方便用户使用。
在使用featureCounts时,需要提供比对结果文件和基因模型文件,然后设置一些参数,比如是否考虑配对信息、是否忽略映射到多个位置的reads等。运行完featureCounts后,会得到一个计数文件,里面记录了每个基因或者转录本在每个样本中的reads数,这些数据可以作为后续差异表达分析的输入。