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转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 转录本定量
转录本定量是一种生物技术,主要用于测量细胞中特定基因的转录水平。这是一种重要的研究工具,因为它可以帮助科学家理解基因表达的变化如何影响细胞功能和生物学过程。 转录本定量的基本步骤包括: 1. 提取RNA:首先,从细胞或组织中提取总RNA。这通常涉及使用化学物质来破碎细胞并释放其RNA内容物。 2. cDNA合成:然后,将RNA转化为互补DNA(cDNA)。这是通过一种称为逆转录酶的酶完成的,该酶可以读取RNA序列并生成与其互补的DNA链。 3. PCR扩增:接下来,使用聚合酶链反应(PCR)来扩增cDNA。PCR是一种强大的技术,可以快速复制目标DNA片段数百到数千次,使其更容易进行分析。 4. 定量分析:最后,使用各种方法来测量PCR产物的数量。这可以包括荧光标记、实时PCR或其他方法。这些测量结果提供了有关原始RNA样本中目标基因转录水平的信息。 转录本定量可用于许多不同的应用,包括疾病诊断、药物开发、环境监测和基础科学研究。它可以帮助科学家了解基因表达的变化如何影响健康和疾病,并为开发新的治疗方法提供关键信息。

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