转录本组装是生物信息学中的一种重要技术,主要用于从测序数据中重建出完整的基因转录本。这个过程主要包括以下步骤:
1. 测序数据预处理:这是转录本组装的第一步,包括质量控制、过滤低质量序列、去除接头和 adapter 序列等。
2. 序列比对:将预处理后的 reads 比对到参考基因组上,或者在没有参考基因组的情况下进行 de novo 组装。在这个过程中,需要使用到一些比对工具,如 HISAT2、STAR 等。
3. 转录本组装:根据比对结果,通过算法(如 StringTie、Cufflinks 等)组装出转录本。这个过程通常涉及到拼接 reads,确定 exons 和 introns 的边界,以及确定转录起始位点和终止位点。
4. 转录本注释:将组装出来的转录本与已知的基因和蛋白质数据库进行比对,以获取其功能注释信息。
5. 转录本定量:通过计算每个转录本的 reads 数量或 Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads (FPKM) 值,来估计其表达水平。
6. 转录本差异分析:比较不同样本之间的转录本表达差异,以揭示生物学过程中的基因调控机制。
7. 结果验证:通过实验方法(如 qPCR、Northern Blot 等)验证转录本组装的结果。
转录本组装是一个复杂的过程,需要考虑的因素很多,包括测序深度、reads 长度、基因结构的复杂性等等。因此,选择合适的组装工具和参数设置对于获得准确的转录本非常重要。