转录本组装与定量是生物信息学中的重要概念,主要应用于基因表达研究中。这两个过程都是基于RNA测序(RNA-seq)数据进行的。
1. 转录本组装:在细胞中,一个基因可以产生多个不同的mRNA分子,这些mRNA分子被称为转录本。转录本组装是指通过比对RNA-seq数据中的reads(读段),将它们拼接在一起以重建出完整的转录本序列的过程。这个过程通常涉及到去除接头、质量控制、比对到参考基因组或从头组装等多个步骤。转录本组装的结果可以帮助我们了解基因的结构和功能,以及其在不同条件下的表达情况。
2. 转录本定量:转录本定量是指通过RNA-seq数据来估计每个转录本的相对丰度的过程。这通常通过计算每个转录本上mapping的reads数量来实现。通过比较不同样本之间转录本的定量结果,我们可以找出差异表达的转录本,从而推断出哪些基因在特定条件下被上调或下调。
总的来说,转录本组装和定量是理解和解析RNA-seq数据的关键步骤,对于揭示基因表达调控机制、疾病发生机制等具有重要的科学价值。