Trimmomatic是一款非常强大的序列质量控制软件,主要用于去除测序接头、过滤低质量reads等。它由Java语言编写,可以运行在任何支持Java的平台上。
Trimmomatic的工作流程主要包括以下几个步骤:
1. 去除接头:通过与用户提供的接头序列进行比对,去除reads中的接头序列。
2. 质量过滤:根据用户设定的质量阈值,去除质量过低的reads或者bases。
3. 过滤长度:根据用户设定的长度阈值,去除长度过短的reads。
4. 连续质量过滤:如果一个reads中连续多个bases的质量低于设定的阈值,则将这些bases去除。
5. 边缘质量过滤:如果一个reads的两端(前几个bases或后几个bases)的质量均低于设定的阈值,则将这些bases去除。
Trimmomatic使用起来非常方便,只需要提供原始的fastq文件和相应的参数,就可以得到处理后的高质量的reads。此外,Trimmomatic还提供了详细的日志文件,记录了每一步处理的结果,方便用户查看和分析。