FastQC是一款用于测序质量控制的软件,由Babraham生物计算研究所开发。它能够快速、高效地对高通量测序数据进行基本的质量评估。
FastQC的工作原理是读取测序数据,然后对数据进行一系列的质量检查,包括:
1. 测序质量分布:通过每个碱基的Phred质量分数来评估测序质量。
2. 标记质量分布:检查序列中每种碱基(A, C, G, T)的质量分布。
3. GC含量:检测序列的GC含量是否均匀。
4. 碱基位置质量:查看在序列的不同位置上,质量是否有显著变化。
5. 重复序列:查找可能由于实验错误或样本污染导致的重复序列。
6. 跨越接头:检测是否存在跨越接头的读段,这可能是由于接头未被完全去除造成的。
7. 碱基N的比例:N代表无法确定的碱基,如果N的比例过高,可能说明测序质量不佳。
8. 长度分布:显示所有读段的长度分布情况。
FastQC生成的报告以HTML格式呈现,清晰易懂,可以帮助用户快速了解测序数据的基本质量情况,并为后续的数据处理和分析提供参考。