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转录组数据介绍

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组数据介绍 Python编程基础
Python编程基础主要包含以下几个方面: 1. 变量和数据类型:在Python中,变量是用来存储数据的容器。Python支持的数据类型包括整型、浮点型、字符串、布尔型等。 2. 运算符:Python中的运算符主要包括算术运算符(如+、-、*、/)、比较运算符(如>、<、==)、逻辑运算符(如and、or、not)等。 3. 控制流语句:控制流语句是程序执行流程的控制方式,主要包括条件语句(if...else...elif...)和循环语句(while、for)。 4. 函数:函数是一段可重用的代码块,可以接受输入参数并返回结果。定义函数可以提高代码的复用性和可读性。 5. 列表和元组:列表和元组都是Python中的序列类型,可以存储多个元素。其中,列表是可变的,而元组是不可变的。 6. 字典:字典是Python中的映射类型,可以通过键来访问对应的值。 7. 文件操作:Python提供了丰富的文件操作函数,包括打开、关闭、读取、写入等。 8. 错误和异常处理:Python通过try...except...finally语句来捕获和处理错误和异常。 以上就是Python编程基础的主要内容,掌握这些基础知识后,就可以开始进行实际的Python编程了。

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