转录组数据库是储存和管理基因表达数据的重要资源。它们通常包含RNA测序(RNA-seq)数据,这些数据描述了特定组织或细胞类型的基因表达水平。
以下是一些常用的转录组数据库资源:
1. Gene Expression Omnibus (GEO): 由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的一个公开数据库,包含了各种实验数据,包括转录组数据。
2. Sequence Read Archive (SRA): 也是由NCBI维护的数据库,存储了大量的原始测序数据,包括RNA-seq数据。
3. ArrayExpress: 由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护的数据库,提供了基因表达数据的访问和检索服务。
4. The Cancer Genome Atlas (TCGA): 是一个大规模癌症基因组研究项目,提供了多种癌症类型的基因表达数据。
5. Genotype-Tissue Expression (GTEx) project: 这是一个由NIH资助的研究项目,旨在研究基因型和组织特异性基因表达的关系。
6. Human Protein Atlas: 这是一个基于蛋白质表达数据的数据库,也提供了相应的转录组数据。
7. dbGaP: 由NCBI维护的数据库,主要存储人类遗传和基因表达数据,包括一些大规模的流行病学研究数据。
这些数据库资源为科研人员提供了丰富的基因表达数据,对于理解基因功能、疾病机制以及药物研发等方面具有重要价值。