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转录组

1 转录组数据介绍 1.1 转录组定义 1.2 RNA测序技术 1.2.1 mRNA-seq 1.2.2 long-read RNA-seq 1.3 转录组数据类型和格式 1.3.1 FASTQ文件 1.3.2 BAM/SAM文件 1.3.3 BED/GTF/GFF文件 2 生物信息学基础 2.1 基因组注释 2.2 生物统计学基础 2.3 R语言编程基础 2.4 Python编程基础 3 转录组数据预处理 3.1 转录组数据质量控制 3.1.1 fastQC 3.1.2 MultiQC 3.2 转录组数据剪接和过滤 3.2.1 Trimmomatic 3.2.2 Cutadapt 3.3 转录组数据比对 3.3.1 HISAT2 3.3.2 STAR 3.3.3 Bowtie2 3.4 比对结果评估 3.4.1 Qualimap 3.4.2 RSeQC 4 转录本组装与定量 4.1 转录本组装 4.1.1 Cufflinks/Cuffmerge/Cuffdiff 4.1.2 StringTie 4.2 转录本定量 4.2.1 HTSeq-count 4.2.2 featureCounts 4.3 差异表达分析 4.3.1 DESeq2 4.3.2 edgeR 4.3.3 limma-voom 5 功能富集分析 5.1 GO富集分析 5.2 KEGG通路富集分析 5.3 Reactome通路富集分析 6 转录组其他高级分析 6.1 转录组之时间序列分析 6.2 转录组之稳健性分析 6.3 转录组之协作网络分析 6.4 转录组之热图、火山图、PCA等可视化工具 7 转录组实例研究 7.1 已发表论文解析 7.2 自己的数据实践操作 8 转录组数据库资源 8.1 SRA 8.2 GEO 8.3 ArrayExpress 8.4 ENSEMBL 8.5 STRING
首页 教程 转录组 转录组数据库资源
转录组数据库是储存和管理基因表达数据的重要资源。它们通常包含RNA测序(RNA-seq)数据,这些数据描述了特定组织或细胞类型的基因表达水平。 以下是一些常用的转录组数据库资源: 1. Gene Expression Omnibus (GEO): 由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护的一个公开数据库,包含了各种实验数据,包括转录组数据。 2. Sequence Read Archive (SRA): 也是由NCBI维护的数据库,存储了大量的原始测序数据,包括RNA-seq数据。 3. ArrayExpress: 由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护的数据库,提供了基因表达数据的访问和检索服务。 4. The Cancer Genome Atlas (TCGA): 是一个大规模癌症基因组研究项目,提供了多种癌症类型的基因表达数据。 5. Genotype-Tissue Expression (GTEx) project: 这是一个由NIH资助的研究项目,旨在研究基因型和组织特异性基因表达的关系。 6. Human Protein Atlas: 这是一个基于蛋白质表达数据的数据库,也提供了相应的转录组数据。 7. dbGaP: 由NCBI维护的数据库,主要存储人类遗传和基因表达数据,包括一些大规模的流行病学研究数据。 这些数据库资源为科研人员提供了丰富的基因表达数据,对于理解基因功能、疾病机制以及药物研发等方面具有重要价值。

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