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基因组学

1 基因组学基础 1.1 基因和基因组的概念 1.2 DNA结构和复制 1.3 蛋白质合成 1.4 遗传学基本原理 2 基因组测序技术 2.1 Sanger测序 2.2 下一代测序技术(NGS) 2.2.1 测序原理 2.2.2 主要基因组测序平台介绍 2.2.3 NGS数据分析流程 3 基因组组装 3.1 基因组参考基因组辅助组装 3.2 基因组组装评估与优化 4 基因组注释 4.1 基因预测 4.2 基因功能注释 4.3 非编码RNA识别 5 基因组比较分析 5.1 基因组同源性分析 5.2 基因组多序列比对 5.3 比较基因组学方法 6 表观基因组学 6.1 DNA甲基化 6.2 组蛋白修饰 6.3 非编码RNA的作用 7 基因组测序实验设计与数据分析策略 7.1 基因组测序样品准备与实验设计 7.2 基因组测序的数据质量控制与预处理 7.3 基因组测序的统计学原理与假设检验 7.4 基因组测序的结果解释与报告撰写
首页 教程 基因组学 基因组测序实验设计与数据分析策略
基因组测序实验设计与数据分析策略主要包括以下几个步骤: 1. 实验设计:首先,需要明确研究的目标,是全基因组测序还是靶向测序?然后选择合适的测序平台和技术,如Illumina、PacBio、Nanopore等。同时,也需要考虑样本的选择和处理,包括样本的数量、质量、保存条件等。 2. 数据获取:通过高通量测序设备获取原始的测序数据。 3. 数据预处理:对原始数据进行质控,去除低质量的数据,然后进行序列比对,将序列比对到参考基因组上。 4. 变异检测:在比对后的数据中寻找可能存在的变异位点,包括单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(INDEL)、拷贝数变异(CNV)等。 5. 功能注释:对找到的变异位点进行功能注释,预测其可能的影响。 6. 结果分析:根据实验目标,对结果进行统计分析和解读,得出科学结论。 7. 数据可视化:将复杂的数据结果以图表的形式展示出来,以便于理解和交流。 以上就是基因组测序实验设计与数据分析的基本策略,具体的方法和步骤可能会因研究目标和测序技术的不同而有所差异。

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