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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究
NCBI Taxonomy是一个生物分类系统数据库,包含了所有已知的生物种类及其分类信息。它是一个非常有用的工具,可以用于各种生物学研究,特别是系统发育学研究。 在系统发育学研究中,NCBI Taxonomy数据可以帮助研究人员了解不同物种之间的进化关系。例如,通过比较不同物种的基因序列,研究人员可以构建出一个系统发育树,这个树状图可以清晰地显示出物种之间的亲缘关系和演化历程。 首先,研究人员需要从NCBI Taxonomy数据库中获取他们感兴趣的物种的分类信息和基因序列数据。然后,他们可以使用专门的软件和算法,如MEGA、PhyML或RAxML等,来分析这些数据并构建系统发育树。 在这个过程中,NCBI Taxonomy数据起到了关键的作用。因为每个物种在数据库中都有唯一的Taxonomy ID,这使得研究人员可以准确地识别和比较不同的物种。此外,数据库中的分类信息也为研究人员提供了关于物种的基本背景知识,这对于理解和解释系统发育树的结果是非常重要的。 总的来说,利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究可以帮助我们更好地理解生命的演化过程,并为我们提供了一种强大的工具来探索和描述生物多样性。

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