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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 SRA数据的提交和管理流程
SRA(Sequence Read Archive)是一个存储高通量测序数据的公开数据库。以下是SRA数据的提交和管理流程: 1. 数据准备:在提交数据之前,需要对数据进行一系列的处理,包括质量控制、过滤、比对等。这些处理过程可以使用各种生物信息学工具完成。 2. 创建元数据:元数据是描述数据的信息,包括实验设计、样本来源、测序平台、测序策略等。元数据应按照SRA的标准格式创建。 3. 数据提交:将处理后的数据和元数据提交到SRA。这通常通过NCBI的Submission Portal完成。在提交过程中,需要提供一些基本信息,如联系人信息、项目标题、研究领域等。 4. 数据审核:SRA会对提交的数据进行审核,以确保其质量和合规性。如果数据存在问题,SRA会通知提交者进行修改。 5. 数据发布:审核通过后,数据将在SRA中发布,并可被公众访问。 6. 数据更新:如果后续有新的数据或者元数据需要更新,可以通过相同的提交流程进行更新。 7. 数据管理:SRA会定期备份数据,以防止数据丢失。同时,SRA也会监控数据的使用情况,以便于了解数据的价值和影响。 以上就是SRA数据的提交和管理流程。这个流程旨在保证数据的质量和可用性,同时也保护了数据所有者的权益。

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