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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 如何在SRA中查询测序数据信息
SRA(Sequence Read Archive)是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)维护的一个公共数据库,用于存储高通量测序数据。这些数据包括了基因组、转录组、表观基因组等各种类型的测序数据。 以下是在SRA中查询测序数据信息的步骤: 1. 打开SRA官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 2. 在搜索框中输入你想要查询的关键词,可以是物种名、基因名、实验类型等。例如,如果你想查询人类的RNA-seq数据,可以输入“human RNA-seq”。 3. 点击搜索按钮,系统会显示出与你的关键词相关的所有测序数据集。 4. 你可以通过筛选条件对结果进行进一步的筛选,如选择特定的研究机构、发表时间等。 5. 点击你感兴趣的数据集,进入详细页面,这里会提供该数据集的详细信息,包括样本来源、测序平台、测序深度等。 6. 如果你需要下载这些数据,可以通过点击“Run Information”下的“Experiment”链接,然后在新页面中找到“Download”选项。 7. 下载的数据通常是原始的测序数据,需要使用相应的工具进行处理和分析。 需要注意的是,由于SRA中的数据量非常大,所以在查询和下载数据时可能需要一些时间。同时,对于一些复杂的查询,可能需要熟悉一些专业的生物学知识和术语。

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