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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 利用BLAST结果进行数据分析
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于查找序列相似性的生物信息学工具。通过将查询序列与数据库中的参考序列进行比较,BLAST可以提供关于序列相似性、同源性和进化关系的信息。以下是如何利用BLAST结果进行数据分析的步骤: 1. 结果解读:首先,需要对BLAST结果进行解读。这包括查看查询序列和匹配序列的相似度百分比、E值(期望值)、最大得分、匹配长度等信息。 2. 数据筛选:根据研究目标,可能需要对BLAST结果进行筛选。例如,如果只关注高度相似的序列,可以设定一个相似度阈值,只保留那些超过这个阈值的结果。 3. 功能注释:如果参考数据库包含了功能注释信息,可以通过BLAST结果来推测查询序列的可能功能。例如,如果查询序列与已知的蛋白质编码基因有很高的相似性,那么这个序列也可能具有类似的生物学功能。 4. 进化分析:通过比较不同物种之间的序列相似性,可以推断它们的进化关系。例如,如果两个物种的基因序列非常相似,那么它们可能是最近的亲缘物种。 5. 序列比对:BLAST结果通常会包含查询序列和匹配序列的比对图,可以直观地看出两个序列在哪些区域是相同的或不同的。 6. 结构预测:对于蛋白质序列,可以根据BLAST结果来进行结构预测。因为蛋白质的功能与其三维结构密切相关,所以结构预测可以帮助我们更好地理解蛋白质的功能。 7. 数据可视化:为了更直观地展示BLAST结果,可以使用各种数据可视化工具。例如,可以用树状图来展示物种之间的进化关系,或者用热图来显示序列之间的相似性。 总的来说,利用BLAST结果进行数据分析是一个涉及多个步骤的过程,需要对生物信息学有一定的理解和技能。

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