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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 如何使用BLAST进行序列比对
BLAST是生物学中常用的一种序列比对工具,主要用于快速搜索大规模数据库中的相似序列。以下是使用BLAST进行序列比对的步骤: 1. 打开NCBI网站:首先打开NCBI(National Center for Biotechnology Information)的官方网站。 2. 选择BLAST服务:在NCBI的首页,你会看到一个“Services”的菜单栏,在这个菜单栏中选择“BLAST”。 3. 选择比对类型:进入BLAST页面后,你需要选择你想要进行的比对类型。例如,如果你有一个蛋白质序列,你可以选择“Protein BLAST”;如果你有一个DNA或RNA序列,你可以选择“Nucleotide BLAST”。 4. 输入查询序列:在输入框中输入你的查询序列。你可以直接输入序列,也可以上传文件。 5. 设置参数:在输入序列下方,你可以设置一些参数,如期望值(E-value)、比对得分等。 6. 开始比对:设置好参数后,点击“BLAST”按钮开始比对。 7. 查看结果:比对完成后,系统会显示比对结果。你可以查看比对得分、E-value、比对长度等信息,还可以查看比对的具体位置和序列。 8. 分析结果:根据比对结果,你可以分析你的序列与其他序列的相似性,从而推断其可能的功能或者进化关系。 以上就是使用BLAST进行序列比对的基本步骤。需要注意的是,BLAST的结果并不总是完全准确的,有时候需要结合其他工具和信息来进行更深入的分析。

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