BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于生物信息学的算法，主要用于比较查询序列和数据库中的参考序列，以找出两者之间的相似性。它的基本原理是基于局部比对的思想，即在两个序列中找到一段最长的、相似度最高的子序列。
BLAST的基本步骤如下：
1. 创建查询序列的“短种子”：BLAST首先将查询序列分割成多个长度较短的子序列，这些子序列被称为“短种子”。
2. 搜索数据库：然后，BLAST会搜索数据库，查找与这些“短种子”相似的序列。
3. 扩展匹配：一旦找到一个匹配的“短种子”，BLAST就会试图在其周围扩展这个匹配，以找到更长的、相似度更高的子序列。
4. 评估匹配：最后，BLAST会评估每个找到的匹配，并根据其长度和相似度对其进行排序。最相似的匹配会被优先显示。
BLAST有多种版本，包括blastn（用于比较两条DNA序列）、blastp（用于比较两条蛋白质序列）、blastx（用于将DNA序列翻译成蛋白质序列后再进行比较）等。每种版本都有其特定的应用场景和优点。
总的来说，BLAST是一种强大的工具，可以帮助科学家们快速地找出基因或蛋白质之间的相似性和差异，从而推断出它们的功能和进化关系。
