BLAST，全称为Basic Local Alignment Search Tool，是一种在生物学中广泛应用的序列比对工具。它主要用于查找一个查询序列在数据库中的相似序列。
BLAST的工作原理是基于一种称为种子搜索的算法。首先，将查询序列与数据库中的每一个序列进行比较，寻找长度为W（通常为11）的相同或相似片段，这些片段被称为种子。然后，在种子周围扩大搜索区域，寻找更多的匹配区域。最后，根据匹配区域的数量和质量，计算出查询序列与数据库中每个序列的相似性得分。
BLAST包括几种不同的版本，每种版本针对不同的应用场景进行了优化。例如，blastn用于比对DNA序列，blastp用于比对蛋白质序列，blastx用于将DNA序列翻译成蛋白质序列后进行比对，tblastn用于将蛋白质序列与DNA数据库进行比对等。
BLAST的优点在于速度快、准确度高，而且能够处理大量的数据。然而，它的缺点是可能错过一些远缘的序列比对，因为这些序列可能没有足够的连续匹配区域来产生种子。此外，BLAST的结果需要专业的知识来进行解读和分析。
总的来说，BLAST是一个强大的工具，对于生物学家来说是不可或缺的。它不仅可以帮助我们找到序列的同源物，还可以揭示序列的功能和进化关系，从而推动生物学的研究进展。
