BLAST代表基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool)。这是一种在生物学中广泛使用的计算机算法,用于比较DNA、RNA或蛋白质序列之间的相似性。通过将查询序列与数据库中的参考序列进行比对,BLAST可以帮助研究人员识别可能的基因和蛋白质同源物,并推测其功能。
BLAST的工作原理是基于一种称为“种子”比对的方法。它首先在查询序列和参考序列之间寻找短而高度匹配的片段(种子),然后扩展这些种子以确定更长的相似区域。BLAST可以快速地处理大规模数据集,并提供高度敏感的结果。
根据研究目标的不同,BLAST有多种变体,包括:
1. BLASTN:用于比对两条DNA序列。
2. BLASTP:用于比对两条蛋白质序列。
3. TBLASTN:用于将蛋白质序列作为查询,与DNA数据库中的编码区进行比对。
4. TBLASTX:用于比对两条DNA序列的翻译产物。
5. BLASTX:用于将DNA序列作为查询,与蛋白质数据库进行比对。
BLAST是一种强大的工具,对于基因组学、生物信息学和分子生物学等领域具有重要价值。它可以帮助科学家们揭示生命的基本原理,探索物种间的进化关系,并推动医学和农业等领域的创新。