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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
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BLAST代表基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool)。这是一种在生物学中广泛使用的计算机算法,用于比较DNA、RNA或蛋白质序列之间的相似性。通过将查询序列与数据库中的参考序列进行比对,BLAST可以帮助研究人员识别可能的基因和蛋白质同源物,并推测其功能。 BLAST的工作原理是基于一种称为“种子”比对的方法。它首先在查询序列和参考序列之间寻找短而高度匹配的片段(种子),然后扩展这些种子以确定更长的相似区域。BLAST可以快速地处理大规模数据集,并提供高度敏感的结果。 根据研究目标的不同,BLAST有多种变体,包括: 1. BLASTN:用于比对两条DNA序列。 2. BLASTP:用于比对两条蛋白质序列。 3. TBLASTN:用于将蛋白质序列作为查询,与DNA数据库中的编码区进行比对。 4. TBLASTX:用于比对两条DNA序列的翻译产物。 5. BLASTX:用于将DNA序列作为查询,与蛋白质数据库进行比对。 BLAST是一种强大的工具,对于基因组学、生物信息学和分子生物学等领域具有重要价值。它可以帮助科学家们揭示生命的基本原理,探索物种间的进化关系,并推动医学和农业等领域的创新。

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