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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 PopSet
PopSet 是一种数据结构,主要用于处理集合(set)上的动态元素插入、删除和查找操作。与传统集合不同的是,PopSet 允许在常数时间内弹出(pop)最小或最大的元素,从而支持优先队列(priority queue)的功能。 PopSet 结构通常由两个部分组成:一个单调递增的堆(min-heap)和一个单调递减的堆(max-heap)。这两个堆分别存储集合中的所有元素,使得它们的根节点分别是集合中的最小元素和最大元素。这样,在 O(1) 时间内就可以找到并弹出最小或最大的元素。 当向 PopSet 插入一个新元素时,需要将它同时插入到 min-heap 和 max-heap 中。这可能会导致堆的性质被破坏,因此需要进行调整操作来重新满足堆的性质。调整操作的时间复杂度为 O(log n),其中 n 是堆中元素的数量。 当从 PopSet 删除一个元素时,需要先从 min-heap 或 max-heap 中找到该元素,并将其从两个堆中都删除。然后,如果 min-heap 和 max-heap 的大小不再相等,就需要从较大的堆中取出一个元素,并将其插入到较小的堆中,以保持两个堆的大小相同。这个过程也需要进行堆调整操作,时间复杂度为 O(log n)。 由于 PopSet 由两个堆组成,因此它的空间复杂度为 O(n)。但是,通过合理地选择堆的实现方式,可以在不影响主要操作性能的情况下减少额外的空间开销。 总的来说,PopSet 是一种高效的数据结构,可以用于实现优先队列和其他基于集合的操作。它的主要优点是支持快速的插入、删除和查找操作,而缺点是空间开销较大。

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