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NCBI数据库

1 NCBI简介 1.1 NCBI的历史和发展 1.2 NCBI的组织结构和功能 1.3 NCBI提供的服务和资源 2 PubMed 2.1 PubMed概述 2.2 如何在PubMed中进行文献检索 2.3 PubMed高级搜索技巧 2.4 如何获取PubMed中的全文文献 2.5 PubMed与MyNCBI的使用 3 GenBank 3.1 GenBank概述 3.2 如何在GenBank中查询基因和序列信息 3.3 GenBank数据提交流程 3.4 使用GenBank数据进行分子生物学研究 4 BLAST 4.1 BLAST概述 4.2 BLAST的基本原理和算法 4.3 如何使用BLAST进行序列比对 4.4 BLAST高级选项和参数设置 4.5 利用BLAST结果进行数据分析 5 OMIM 5.1 OMIM概述 5.2 如何在OMIM中查询遗传疾病信息 5.3 OMIM数据的更新和维护 5.4 利用OMIM数据进行遗传学研究 6 dbSNP 6.1 dbSNP概述 6.2 如何在dbSNP中查询单核苷酸多态性(SNP)信息 6.3 dbSNP数据的提交和验证流程 6.4 利用dbSNP数据进行群体遗传学研究 7 PubChem 7.1 PubChem概述 7.2 如何在PubChem中查询化学物质信息 7.3 PubChem数据的来源和质量控制 7.4 利用PubChem数据进行药物发现和设计 8 SRA 8.1 SRA概述 8.2 如何在SRA中查询测序数据信息 8.3 SRA数据的提交和管理流程 8.4 利用SRA数据进行生物信息学分析 9 Taxonomy 9.1 NCBI Taxonomy概述 9.2 如何在NCBI Taxonomy中查询物种分类信息 9.3 NCBI Taxonomy的数据更新和维护 9.4 利用NCBI Taxonomy数据进行系统发育学研究 10 BioProject, BioSample和BioSystems 10.1 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems概述 10.2 如何在NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库中查询相关项目、样本和系统信息 10.3 NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据提交和管理流程 10.4 利用NCBI BioProject, BioSample和BioSystems数据库进行整合生物学研究 11 其他NCBI资源 11.1 ClinVar和dbGaP 11.2 Conserved Domain Database (CDD) 11.3 Epigenomics 11.4 Gene Expression Omnibus (GEO) 11.5 PopSet 11.6 Protein Clusters 11.7 PubMed Health 11.8 PubMed Central (PMC)
首页 教程 NCBI数据库 Gene Expression Omnibus (GEO)
GEO(Gene Expression Omnibus)是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)维护的一个公开的基因表达数据存储库。它是一个广泛使用的公共数据库,用于储存和分发高通量基因组研究的数据,如微阵列、下一代测序和其他类型的高通量功能基因组实验。 在GEO中,研究人员可以提交他们的原始数据和元数据,并将这些数据与其他研究人员共享。这使得其他科学家能够访问和分析这些数据,从而促进科学发现和知识的传播。 GEO包含两种主要类型的数据集:Series和Samples。Series是一组相关的样本,它们一起代表一个特定的实验或研究项目。每个Series都由一个唯一的GEO Series accession number标识。Sample是来自单个实验单位的数据,例如单个细胞、组织或个体。每个Sample都有一个唯一的GEO Sample accession number。 除了存储原始数据外,GEO还提供了一系列工具和服务,以帮助研究人员搜索、浏览和分析数据。例如,GEO2R是一个在线应用程序,允许用户比较两个或多个GEO数据集之间的基因表达差异。此外,GEO还提供了与许多其他生物信息学资源的链接,以便于研究人员进行更深入的数据挖掘和分析。 总的来说,GEO是一个非常重要的资源,对于基因表达和功能基因组学研究有着极大的价值。

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