MLST，全称多重序列分型（Multi-Locus Sequence Typing），是一种基于细菌基因组中多个管家基因的DNA序列变异进行菌株分类和分型的方法。这种方法主要依赖于PCR扩增和Sanger测序技术，但随着新一代测序技术的发展，如Illumina、PacBio和Nanopore等，基于新一代测序技术的MLST方法逐渐兴起。
基于新一代测序技术的MLST方法主要有以下步骤：
1. 样品制备：首先需要收集目标菌株样本，然后通过DNA提取试剂盒或其他方法提取DNA。
2. 文库构建：将提取的DNA进行片段化处理，然后接上测序接头，经过PCR扩增后得到可用于测序的文库。
3. 测序：将构建好的文库放在新一代测序平台上进行测序。根据不同的测序平台，可以选择合适的数据产出模式和测序深度。
4. 数据分析：获取原始测序数据后，需要进行质量控制、比对和注释等一系列数据分析步骤。其中，比对是将测序数据与参考基因组进行比较，找出其中的变异位点；注释则是对这些变异位点的功能影响进行预测。
5. 分型：根据比对和注释的结果，可以确定样品中的管家基因序列，并与已知的MLST数据库进行比对，从而确定样品的MLST分型。
相比于传统的MLST方法，基于新一代测序技术的MLST方法具有高通量、低成本、全面性等优点，不仅可以进行MLST分型，还可以同时获得其他基因的变异信息，有助于更深入地了解菌株的遗传特征和进化关系。
