KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个综合性的生物信息学数据库,提供了从基因组到分子功能、细胞过程和生物系统的多层次信息。KEGG与其他数据库的交互主要包括以下几个方面:
1. 数据交换:KEGG通过与其他数据库的数据交换,以获得更全面、准确的信息。例如,KEGG与GenBank、RefSeq等核酸序列数据库进行数据交换,获取基因和蛋白质序列信息。
2. 数据映射:KEGG将其他数据库中的数据映射到自己的数据库中,以便用户可以更容易地找到相关信息。例如,KEGG将UniProt中的蛋白质数据映射到KEGG PATHWAY中,使用户能够查看蛋白质在代谢通路中的作用。
3. 数据整合:KEGG将来自不同数据库的数据进行整合,提供了一种统一的视角来看待生物学问题。例如,KEGG将基因表达数据、蛋白质相互作用数据和代谢通路数据整合在一起,为研究者提供了深入理解生物学系统的机会。
4. 跨库查询:KEGG支持跨库查询,使得用户可以在一个数据库中查找另一个数据库中的信息。例如,用户可以通过KEGG搜索PubChem中的化学物质信息。
这些交互使得KEGG成为了一个强大的工具,可以帮助研究者更好地理解和探索生物学系统。