创作中心
反馈咨询
欢迎添加微信!
微信号: ngplot
微信二维码:

KEGG数据库

1 KEGG介绍 1.1 KEGG的历史和背景 1.2 KEGG的主要功能和应用领域 2 KEGG数据库概述 2.1 KEGG PATHWAY 2.2 KEGG BRITE 2.3 KEGG MODULE 2.4 KEGG DISEASE 2.5 KEGG DRUG 2.6 KEGG ENVIRON 3 KEGG PATHWAY分析 3.1 如何查询KEGG PATHWAY 3.2 如何理解KEGG PATHWAY图 3.3 如何进行KEGG PATHWAY富集分析 4 KEGG BRITE分析 4.1 如何查询KEGG BRITE 4.2 如何理解KEGG BRITE图 4.3 如何进行KEGG BRITE富集分析 5 KEGG MODULE分析 5.1 如何查询KEGG MODULE 5.2 如何理解KEGG MODULE图 5.3 如何进行KEGG MODULE富集分析 6 KEGG DISEASE分析 6.1 如何查询KEGG DISEASE 6.2 如何理解KEGG DISEASE图 6.3 如何进行KEGG DISEASE富集分析 7 KEGG DRUG分析 7.1 如何查询KEGG DRUG 7.2 如何理解KEGG DRUG图 7.3 如何进行KEGG DRUG富集分析 8 KEGG ENVIRON分析 8.1 如何查询KEGG ENVIRON 8.2 如何理解KEGG ENVIRON图 8.3 如何进行KEGG ENVIRON富集分析 9 KEGG与其他数据库的交互 9.1 如何将基因ID转换为KEGG ID 9.2 如何将KEGG ID转换为基因ID 9.3 如何将KEGG ID转换为Uniprot ID 9.4 如何将Uniprot ID转换为KEGG ID 10 KEGG在生物信息学中的应用 10.1 KEGG在基因组学中的应用 10.2 KEGG在转录组学中的应用 10.3 KEGG在蛋白质组学中的应用 10.4 KEGG在代谢组学中的应用
首页 教程 KEGG数据库 如何进行KEGG DISEASE富集分析
KEGG DISEASE富集分析是一种生物信息学方法,用于研究一组基因或分子是否与特定疾病有关。以下是进行KEGG DISEASE富集分析的步骤: 1. 数据准备:首先,你需要一个基因列表,这些基因可能是通过实验数据(如RNA-seq,microarray等)或者文献检索得到的。这个基因列表应该是你感兴趣的,并且你想知道它们是否与某些疾病相关。 2. 导入KEGG数据库:KEGG是一个包含许多生物通路和疾病信息的数据库。你可以使用R语言中的KEGGREST包或者Python中的keggapi库来导入KEGG数据库。 3. 进行富集分析:使用你的基因列表和KEGG数据库,你可以进行富集分析。在这个过程中,你会计算你的基因列表中每个基因出现在KEGG数据库中各个疾病的比例,然后比较这个比例与整个基因组中该疾病的比例。如果某个疾病的比例在你的基因列表中显著高于在基因组中的比例,那么我们就说这个疾病在你的基因列表中是富集的。 4. 多重检验校正:由于我们进行了多次比较(一次对每一个疾病),所以需要进行多重检验校正以控制假阳性率。常用的校正方法有FDR(False Discovery Rate)校正和Bonferroni校正。 5. 结果解读:最后,你需要解读你的结果。一般来说,我们会关注那些经过校正后p值小于0.05的疾病,因为这些疾病在你的基因列表中可能有显著的富集。你可以查看这些疾病的描述,看看它们是否与你的研究问题相关。 请注意,以上步骤只是一个基本的流程,具体的实施可能会根据你的研究需求和数据特性有所不同。

官方微信
点击收藏 编辑日记
NewMer首页 数据挖掘 NGplot科研绘图
Copyright © 2021-2025 上海牛马人生物科技有限公司 沪ICP备 2022007390号-2