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KEGG数据库

1 KEGG介绍 1.1 KEGG的历史和背景 1.2 KEGG的主要功能和应用领域 2 KEGG数据库概述 2.1 KEGG PATHWAY 2.2 KEGG BRITE 2.3 KEGG MODULE 2.4 KEGG DISEASE 2.5 KEGG DRUG 2.6 KEGG ENVIRON 3 KEGG PATHWAY分析 3.1 如何查询KEGG PATHWAY 3.2 如何理解KEGG PATHWAY图 3.3 如何进行KEGG PATHWAY富集分析 4 KEGG BRITE分析 4.1 如何查询KEGG BRITE 4.2 如何理解KEGG BRITE图 4.3 如何进行KEGG BRITE富集分析 5 KEGG MODULE分析 5.1 如何查询KEGG MODULE 5.2 如何理解KEGG MODULE图 5.3 如何进行KEGG MODULE富集分析 6 KEGG DISEASE分析 6.1 如何查询KEGG DISEASE 6.2 如何理解KEGG DISEASE图 6.3 如何进行KEGG DISEASE富集分析 7 KEGG DRUG分析 7.1 如何查询KEGG DRUG 7.2 如何理解KEGG DRUG图 7.3 如何进行KEGG DRUG富集分析 8 KEGG ENVIRON分析 8.1 如何查询KEGG ENVIRON 8.2 如何理解KEGG ENVIRON图 8.3 如何进行KEGG ENVIRON富集分析 9 KEGG与其他数据库的交互 9.1 如何将基因ID转换为KEGG ID 9.2 如何将KEGG ID转换为基因ID 9.3 如何将KEGG ID转换为Uniprot ID 9.4 如何将Uniprot ID转换为KEGG ID 10 KEGG在生物信息学中的应用 10.1 KEGG在基因组学中的应用 10.2 KEGG在转录组学中的应用 10.3 KEGG在蛋白质组学中的应用 10.4 KEGG在代谢组学中的应用
首页 教程 KEGG数据库 如何进行KEGG BRITE富集分析
KEGG BRITE富集分析是一种用于研究基因功能和通路的生物信息学方法。以下是进行KEGG BRITE富集分析的一般步骤: 1. 数据准备:首先,需要准备要进行分析的数据。这通常是基因列表或表达谱数据。 2. 数据转换:将你的数据转换为KEGG可以识别的格式。例如,如果你的基因是根据NCBI的ID来标识的,你需要将其转换为KEGG的ID。 3. 富集分析:使用KEGG数据库提供的工具进行富集分析。KEGG提供了一个在线工具(KEGG Pathway Map)和一个命令行工具(KEGG API)来进行富集分析。 4. 结果解释:分析结果通常是一个包含了一系列被显著富集的KEGG通路的列表。每个通路都有一个p值或者q值,表示该通路在你的数据中出现的频率是否显著高于预期。 5. 可视化:你可以使用KEGG的绘图工具来可视化你的结果。这可以帮助你更好地理解你的数据。 需要注意的是,进行KEGG BRITE富集分析需要有一定的生物信息学知识。如果你不熟悉这个领域,可能需要寻求专业的帮助。

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