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KEGG数据库

1 KEGG介绍 1.1 KEGG的历史和背景 1.2 KEGG的主要功能和应用领域 2 KEGG数据库概述 2.1 KEGG PATHWAY 2.2 KEGG BRITE 2.3 KEGG MODULE 2.4 KEGG DISEASE 2.5 KEGG DRUG 2.6 KEGG ENVIRON 3 KEGG PATHWAY分析 3.1 如何查询KEGG PATHWAY 3.2 如何理解KEGG PATHWAY图 3.3 如何进行KEGG PATHWAY富集分析 4 KEGG BRITE分析 4.1 如何查询KEGG BRITE 4.2 如何理解KEGG BRITE图 4.3 如何进行KEGG BRITE富集分析 5 KEGG MODULE分析 5.1 如何查询KEGG MODULE 5.2 如何理解KEGG MODULE图 5.3 如何进行KEGG MODULE富集分析 6 KEGG DISEASE分析 6.1 如何查询KEGG DISEASE 6.2 如何理解KEGG DISEASE图 6.3 如何进行KEGG DISEASE富集分析 7 KEGG DRUG分析 7.1 如何查询KEGG DRUG 7.2 如何理解KEGG DRUG图 7.3 如何进行KEGG DRUG富集分析 8 KEGG ENVIRON分析 8.1 如何查询KEGG ENVIRON 8.2 如何理解KEGG ENVIRON图 8.3 如何进行KEGG ENVIRON富集分析 9 KEGG与其他数据库的交互 9.1 如何将基因ID转换为KEGG ID 9.2 如何将KEGG ID转换为基因ID 9.3 如何将KEGG ID转换为Uniprot ID 9.4 如何将Uniprot ID转换为KEGG ID 10 KEGG在生物信息学中的应用 10.1 KEGG在基因组学中的应用 10.2 KEGG在转录组学中的应用 10.3 KEGG在蛋白质组学中的应用 10.4 KEGG在代谢组学中的应用
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KEGG BRITE是Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)的一部分,它提供了一种对生物系统进行分类和注释的框架。BRITE代表了“BRIdge to Function and Evolution”,强调了其在连接基因功能和进化分析中的作用。 KEGG BRITE包括以下几个部分: 1. 基因本体论(GO)和KEGG Orthology(KO)之间的映射:这使得用户可以根据GO术语来查询KEGG数据库中的相关通路和模块。 2. 分类和子分类:BRITE提供了对各种生物分子(如蛋白质、核酸、小分子等)的详细分类和子分类。这些分类基于分子的功能、结构、化学性质以及其他特征。 3. 通路和模块:BRITE还包含了对KEGG通路和模块的分类。这些通路和模块描述了细胞内的生化反应网络,以及这些网络如何参与到特定的生物学过程中。 4. 疾病和药物:BRITE还包括了对人类疾病和药物的分类。这些信息可以帮助研究人员理解疾病的分子机制,以及药物如何影响这些机制。 通过使用KEGG BRITE,研究人员可以更好地理解和组织他们的数据,从而推断出新的生物学见解和发现。

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