"很多亲人感觉宏基因组的分析结果内容种类太多，根本学不过来。其实本质上并不复杂，只分为两类：物种组成和功能组成两大类，这是核心结果；再加上开头系统描述和结尾的讨论比较。通常会出现固定套路的4部分结构。今天就从之前解决的1篇nature, 2篇science, 入手来总结宏基因组分析的基本思路。只有分析思路清楚，结果才更容易説清楚。文章思路和结果文章分析思路：整体概述——物种组成——功..."

简介软件简介STAMP能干什么分析实战输入文件多组比较——肠型属性面板功能简介图表类型介绍统计表导出其它功能统计方法关于样本重复多组比较分析两组分析两样品常见问题读入文件错误实验设计和丰度矩阵样品名不对应总结Reference猜你喜欢写在后面之前本平台分享过STAMP的使用： - 微生物组间差异分析神器-STAMP ...

"分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Meg..."

"文章目录简介安装简介安装报错：Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next re"

1. 数据介绍FASTQ数据下载 - EBI - SRA数据地址： https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJNA246490Study: PRJNA24649016S rRNA sequencing of soil microbial community metagenome 土壤微生物SRP041809 副登录号Descriptio...

"de novo定义：from the beginning（从头拼接）, no reference genome guided（无参考基因组）三类de novo基因拼接的计算方法：1. Greedy algorithm：对于含重复区的序列拼接效果不好Shortest common string (SCS)：最短的、包含原序列S中所有的k-mer的序列但是Greedy algo"