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流程:代谢分析流程(部分1)[metabolome]

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基本参数

表格处理—去缺失值行

删除表格缺失值达到一定比例的行

表格处理—缺失值填充

对文本格式的表格进行缺失值填充

表格处理—归一化

对文本格式的表格进行归一化处理

表格处理—对数处理

输入

样本PCA分析

使用R语言

两组差异分析

使用R语言的t.test函数做student T 检验,比较两组数据是否有显著性差异

差异代谢物筛选

代谢物聚类

根据指定的相似度或距离定义计算出类之间的距离大致过程:1.将每一个元素单独定为一类2.重复:每一轮都合并指定距离(对指定距离的理解很重要)最小的类3.直到所有的元素都归为同一类层级聚类,使用Python的scipy.cluster包详细文档:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/cluster.hierarchy.html

代谢物相关性分析

相关性分析使用的是python的scipy.stats模块

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