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流程:分组统计通用分析流程[groupStatis]

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包括:差异检验、PCA、PCOA、NMDS、adonis分析、相关性分析、聚类

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数据表输入

样品分组文件

anova检验

比较多组差异的单因素方差分析,采用R语言的oneway.test函数分析

Wallis秩和检验

Wallis 秩和检验是一种用于检验多个独立样本的分布是否相同的非参数统计方法。 使用的R语言的kruskal.test函数 该方法通过比较样本均值之间的差异来确定它们的相对顺序,从而避免了使用显著性检验或t-test等参数方法所带来的偏差。

pca(R)

使用R语言

adonis分析

adonis是一种基于距离的多元统计分析方法,是置换多元方差分析的简称。 通过投影到新空间,计算距离,从而确定样本之间的相似性或冗余度 使用的程序是R语言的vegan包

相关性分析

相关性分析使用的是python的scipy.stats模块

聚类-层级聚类(按列聚类)

根据指定的相似度或距离定义计算出类之间的距离大致过程:1.将每一个元素单独定为一类2.重复:每一轮都合并指定距离(对指定距离的理解很重要)最小的类3.直到所有的元素都归为同一类层级聚类,使用Python的scipy.cluster包详细文档:https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/cluster.hierarchy.html

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