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流程:二代测序数据组装筛选[soapdenovo2_batch]

流程包括质控、不同soapdenovo2参数的组装、并统计各个组装序列信息并汇总。可根据组装信息汇总表选择合适的组装结果
文献引用: 1 Luo R , Liu B , Xie Y , et al. SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler[J]. GigaScience, 2012, 1. 2 Chen S , Zhou Y , Chen Y , et al. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor[J]. Bioinformatics, 2018, 34(17):i884-i890.
Fastq数据质控

fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance.

soapdenovo

SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件,可用于大型植物和动物、细菌和真菌等基因组组装

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