木牛零码-新建流程任务

流程：转录组流程[refrna]

帮助文档

时间 2023-04-17

流程包括：fastqc测序原始数据、fastp质控、hisat2比对、stringtie拼接、kallisto定量等

文献引用： 1 Li H , Handsaker B , Wysoker A , et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools[J]. Bioinformatics, 2009, 25(16):2078-2079. 2 Chen S , Zhou Y , Chen Y , et al. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor[J]. Bioinformatics, 2018, 34(17):i884-i890.

运行环境

在线本地：无查看/配置环境

任务名称

refdb

数据库来源

参考fasta

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参考gff3

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参考gtf

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fastqc测序原始数据

FastQC软件用于二代测序数据质量的评估，能快速对测序数据进行检测，并生成详细的质量评估报告

fastq文件夹

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fastp质控

fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance.

qualified_quality_phred

length_required

n_base_limit

cut_mean_quality

cut_window_size

cut_front

cut_tail

hisat2比对索引

Hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于转录组数据的比对。 hisat2-build建好索引之后，输入reads进行比对。

链特异性

基因覆盖度分析

使用RSeQC软件计算基因覆盖度

最小基因长度

kallisto建索引

kallisto采用一种被称作伪比对(pseudoalignment)的方式直接将测序片段直接比对到cDNA序列然后定量在定量之前需要对参考序列构建索引。

kmer

[78币] 登录运行

环境

软件:

rpkm_saturation 说明：示例：miniconda3/bin/。示例：/path/miniconda3/bin/

kallisto 说明：示例：kallisto_linux-v0.43.1/。示例：/path/kallisto_linux-v0.43.1/

fastp 说明：示例：fastp-master/。示例：/path/./

genebody_coverage 说明：示例：miniconda3/bin/。示例：/path/miniconda3/bin/

stringtie 说明：示例：stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64/。示例：/path/stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64/

chr_coverage 说明：示例：bowtie-1.1.2/:samtools-1.8_bin/bin/。示例：/path/bowtie-1.1.2/:samtools-1.8_bin/bin/

fastqc 说明：示例：FastQC。示例：/path/FastQC

hisat2 说明：示例：hisat2-2.1.0/。示例：/path/hisat2-2.1.0/

数据库:

其他: