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流程:细菌二代测序质控组装流程[bacgenome1]

流程包括fastp质控、soapdenovo2组装、组装序列补Gap、组装统计
文献引用: 1 Luo R , Liu B , Xie Y , et al. SOAPdenovo2: an empirically improved memory-efficient short-read de novo assembler[J]. GigaScience, 2012, 1. 2 Chen S , Zhou Y , Chen Y , et al. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor[J]. Bioinformatics, 2018, 34(17):i884-i890.
Fastq数据质控

fastp A tool designed to provide fast all-in-one preprocessing for FastQ files. This tool is developed in C++ with multithreading supported to afford high performance.

Soapdenovo2组装

SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件,可用于大型植物和动物、细菌和真菌等基因组组装

组装序列补Gap

组装序列存在Gap,Gapcloser可基于reads 填充Gap,使组装结果更完整。 gapcloser常用于Soapdenovo2软件组装后的Gap填充。

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