计算测序深度
主要使用bowtie2建索引和比对。samtool处理比对生成的bam格式文件,计算测序深度。
[ 文献引用:Langmead B , Salzberg S L . Fast gapped-read alignment with Bowtie 2[J]. Nature Methods, 2012, 9(4):357-359. ]
[ 文献引用:Li H , Handsaker B , Wysoker A , et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools[J]. Bioinformatics, 2009, 25(16):2078-2079. ]