介绍
VPA：方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)可用于确定指定环境因子对微生物(原生生物/植物/动物等等)群落结构变化的解释比例。
平台使用的是R语言的vegan包
输入
数据表
例如
# a1 a2 a3 b1 b2 b3
var1 10 34 51 19 21 31
var2 22 21 41 89 78 79
var3 66 87 56 76 89 90
var4 18 37 46 55 54 63
var5 19 40 50 61 58 76
环境因子表
例如
#SampleID P C N M
a1 252.61 1.14 1.09 0.55
a2 253.75 1.36 1.37 0.52
a3 251.07 1.14 1.09 0.55
b1 209.97 0.61 0.72 0.44
b2 221.81 1.25 1.37 0.48
b3 231.59 0.51 0.46 0.57
环境因子分组文件
例如
#Env GROUP
P env1
C env1
N env2
M env2
结果
结果文件，例如
1. env.plot.xls
group_name;env1;env2
lab Adj.R.squared
[a] = X1|X2 -0.0782504510637708
[b] 0.489324872567632
[c] = X2|X1 -0.387365944533271
[d] = Residuals 0.97629152302941
2. env.R2adj.xls
Env Radj Group
C 0.213246645150235 env1
M -0.0576591371164588 env2
N 0.0545394894223452 env2
P 0.503359002095895 env1
3. pdf韦恩图
