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介绍

脚本通过读取组装序列,对序列个数、GC含量、最小最大长度、平均长度、N50等进行统计

输入

组装序列

结果

# Counts of transcripts, etc. Total trinity 'genes': 67 Total trinity transcripts: 85 Percent GC: 49.52 #Stats based on ALL transcript contigs: Contig N10: 8757 Contig N20: 8060 Contig N30: 6692 Contig N40: 5534 Contig N50: 5399 Median contig length: 466 Average contig: 1678.48 Total assembled bases: 142671 # Stats based on ONLY LONGEST ISOFORM per 'GENE': Contig N10: 8816 Contig N20: 7195 Contig N30: 5534 Contig N40: 5528 Contig N50: 3739 Median contig length: 349 Average contig: 1131.12 Total assembled bases: 75785
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