介绍
Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。Trinity的简要工作流程为：
Inchworm: 将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列；
Chrysalis: 将上一步生成的contigs聚类，然后对每个类构建Bruijn图；
Butterfly: 处理这些Bruijn图，依据图中reads和成对的reads来寻找路径，从而得到具有可变剪接的全长转录子，同时将旁系同源基因的转录子分开。
输入
reads的类型：常用的有 fasta（fa） 和 fastq（fq） 文件格式
SS_lib_type
reads的方向。成对的reads: RF or FR; 不成对的reads: F or R。
在数据具有链特异性的时候，设置此参数，则正义和反义转录子能得到区分。
默认情况下，不设置此参数，reads被当作非链特异性处理。
FR: 匹配时，read1在5'端上游, 和前导链一致, read2在3'下游, 和前导链反向互补. 或者read2在上游, read1在下游反向互补;
RF: read1在5'端上游, 和前导链反向互补, read2在3'端下游, 和前导链一致;
结果
组装好的序列，Trinity.fasta
