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介绍

SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件,可用于大型植物和动物、细菌和真菌等基因组组装

输入

fastq1文件: 左端reads的fastq格式文件 fastq2文件: 右端reads的fastq格式文件 fastq文件格式,例如 @NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA + 6AAAAAEEEEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE//EEE/E//E/AA/EEE/A/AEE/EEA//EEEEEEEE6EEAA Kmer值:kmer(最小13, 最大63/127): 默认值[23],值是奇数 D值: 去除频数不大于该值(edgeCovCutoff)的由k-mer连接的边,默认值[1] d值: 去除kmers频数不大于该值的k-mer,默认值[0] reads length: read的最大长度,任何比它大的read会被切到这个长度,该值一般设置的比实际read读长稍微短一些 insert length: 文库的平均插入长度

结果

*.contig文件: contig序列文件 *.scafSeq文件: scaffold序列文件 这2个文件都是fasta格式文件
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