介绍
SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件,可用于大型植物和动物、细菌和真菌等基因组组装
输入
fastq1文件:
左端reads的fastq格式文件
fastq2文件:
右端reads的fastq格式文件
fastq文件格式,例如
@NS500713:64:HFKJJBGXY:1:11101:1675:1101 1:N:0:TATAGCCT+GACCCCCA
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA
+
6AAAAAEEEEE/E/EA/E/AEA6EE//AEE66/AAE//EEE/E//E/AA/EEE/A/AEE/EEA//EEEEEEEE6EEAA
Kmer值:kmer(最小13, 最大63/127): 默认值[23],值是奇数
D值: 去除频数不大于该值(edgeCovCutoff)的由k-mer连接的边,默认值[1]
d值: 去除kmers频数不大于该值的k-mer,默认值[0]
reads length: read的最大长度,任何比它大的read会被切到这个长度,该值一般设置的比实际read读长稍微短一些
insert length: 文库的平均插入长度
结果
*.contig文件: contig序列文件
*.scafSeq文件: scaffold序列文件
这2个文件都是fasta格式文件