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测序深度计算 帮助文档
1 介绍 2 输入 3 结果

介绍

计算测序深度 主要使用bowtie2建索引和比对。samtool处理比对生成的bam格式文件，计算测序深度。

输入

基因组序列： 组装序列或参考基因组序列，fasta格式 fq1数据，fq2数据： 输入fastq格式左右端reads序列文件

结果

生成各序列各位点的深度值。 例如： scaffold4 1 10 scaffold4 2 11 scaffold4 3 17
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