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测序深度计算
帮助文档
1 介绍
2 输入
3 结果
介绍
计算测序深度 主要使用bowtie2建索引和比对。samtool处理比对生成的bam格式文件,计算测序深度。
输入
基因组序列: 组装序列或参考基因组序列,fasta格式 fq1数据,fq2数据: 输入fastq格式左右端reads序列文件
结果
生成各序列各位点的深度值。 例如: scaffold4 1 10 scaffold4 2 11 scaffold4 3 17
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