介绍
使用salmon软件建索引并计算表达量
输入
fasta文件：
拼接组装后的fasta文件
格式例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTC
>seqname2
GGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGAC
fq1,fq2 文件： 左右端reads数据，fastq格式
结果
结果文件quant.sf
格式如下
Name Length EffectiveLength TPM NumReads
TRINITY_DN1_c0_g1_i1 256 36.763 9545.604194 5.000
TRINITY_DN3_c0_g1_i1 298 61.085 4595.839603 4.000
TRINITY_DN5_c0_g1_i1 299 61.650 5195.523516 4.564
TRINITY_DN5_c0_g2_i1 260 38.915 17018.723774 9.436
