介绍
使用rsem软件建索引并计算表达量
输入
fasta文件：
拼接组装后的fasta文件
格式例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTC
>seqname2
GGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGAC
fq1,fq2 文件： 左右端reads数据，fastq格式
结果
out_quant.genes.results 结果文件
例如
gene_id transcript_id(s) length effective_length expected_count TPM FPKM
TRINITY_DN10_c0_g1_i1 TRINITY_DN10_c0_g1_i1 204.00 1.19 1.00 70947.88 31764.19
TRINITY_DN10_c1_g1_i1 TRINITY_DN10_c1_g1_i1 245.00 10.37 1.00 8162.24 3654.33
TRINITY_DN14_c0_g1_i1 TRINITY_DN14_c0_g1_i1 329.00 54.84 4.00 6175.22 2764.72
TRINITY_DN15_c0_g1_i1 TRINITY_DN15_c0_g1_i1 357.00 75.29 1.00 1124.49 503.45
