介绍
使用viennarna软件的RNAfold工具预测RNA的二级结构
输入
rna序列文件:
fasta格式,例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA
结果
输出的结构文件
out.str
例如,
>tig00000462_pilon_pilon:585561-585672
GGCGGCGUCCUACUCUCCCACAGGGUCCCCCCUGCAGUACCAUCGGCGCUGAAAGGCUUAGCUUCCGGGUUCGGAAUGUAACCGGGCGUUUCCCUAACGCUAUAACCACCG
(((((((((...........(((((....)))))..........)))))))...((.(((..(((((....)))))..))))).((((((.....))))))....)).... (-33.50)