介绍
Prodigal是为细菌和古菌基因组进行蛋白编码基因预测的软件。
可分析单基因组或宏基因组。
生成基因预测结果、基因核酸序列和蛋白序列。
输入
基因组序列：
fasta格式，例如
>seqname1
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTC
g: 指定翻译密码子 (default 11).
p: 选择注释程序 (单基因组 or 宏基因组). Default is single.
结果
基因gff文件
例如
##gff-version 3
# Sequence Data: seqnum=1;seqlen=5129;seqhdr="scaffold4 61.7"
# Model Data: version=Prodigal.v2.6.1;run_type=Single;model="Ab initio";gc_cont=71.11;transl_table=11;uses_sd=1
scaffold4 Prodigal_v2.6.1 CDS 2 4498 430.8 - 0 ID=1_1;partial=10;start_type=GTG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.697;conf=99.99;score=430.82;cscore=429.13;sscore=1.69;rscore=10.03;uscore=-5.18;tscore=-3.17;
基因核酸序列文件
基因氨基酸序列文件
