介绍
MetaPhlAn 是二代测序物种分类的工具,可得到宏基因组物种分类的列表,以及相对丰度信息。
可直接使用fastq数据。
输入
fastq格式文件：
例如，
@A00151:255:HNMLKDSXY:4:1101:8314:7467 1:N:0:TGAGGC
GTCACGCCGTCTCCTCATCTCGGCTCTCTCACCATGCAGTGGTCGAGGGCCGCGCTTTCTTACACCCGGGGAGAGGGGATTCCGGGCGGCGGGGTGCCCGGGACGAGGGAGGCCGGTGCCGCCGCGTTGCCGGCCGCGGGACGCGGTTGCC
+
FFFFFFFFFFFFF,:,FFFFFFFFFF:FFFFFFFF,FF:F,,FFFFFF,FFF::FF,:FF::F,FF,,FFFFF,,::FFFFFFFFFFFF::FFFFFFF:FF:FFFFF:FFFFFF::FF:FFFF:FFFFF:F:FFFFF,:,:F,FFFF,,:F
结果
profiled_metagenome.txt
例如，
#SampleID Metaphlan_Analysis
#clade_name NCBI_tax_id relative_abundance
k__Bacteria 2 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria 2|201174 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria 2|201174|1760 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Streptomycetales 2|201174|1760|85011 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Streptomycetales|f__Streptomycetaceae 2|201174|1760|85011|2062 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Streptomycetales|f__Streptomycetaceae|g__Streptomyces 2|201174|1760|85011|2062|1883 100.0
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Streptomycetales|f__Streptomycetaceae|g__Streptomyces|s__Streptomyces_violaceusniger 2|201174|1760|85011|2062|1883|68280 60.69895
k__Bacteria|p__Actinobacteria|c__Actinobacteria|o__Streptomycetales|f__Streptomycetaceae|g__Streptomyces|s__Streptomyces_melanosporofaciens 2|201174|1760|85011|2062|1883|67327 34.98288
