介绍
megagene基因预测软件生成的的结果是表格形式,包含基因在长序列中的位置信息,
根据该表和预测用的长序列,提取基因的核酸序列
输入
metagene的预测结果表:
例如
# scaffold4 61.7
# gc = 0.698128
# bacteria
1 4513 - 0 539.403 partial (lack 3'-end)
4450 5127 - 0 37.5313 complete
# scaffold3 61.3
# gc = 0.738649
# bacteria
1 85 - 0 10.6447 partial (lack 3'-end)
30 2327 + 0 433.438 complete
2354 9268 + 0 1287.43 complete
9184 9295 + 0 20.3604 partial (lack 3'-end)
预测用的长序列文件(fasta格式)
例如
>scaffold4
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCAGGAGGTCGGGAAA.....
>scaffold3
TGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTCGAGTACCAATAATAAAGTGA......
结果
基因的核酸序列文件(fasta格式)