介绍
Hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于转录组数据的比对。
hisat2-build建好索引之后，输入reads进行比对。
输入
参考序列文件
>seqname
AAAAAAAAGCTACTTGGAGTACCAATAATAAAGTGAGCCCACCTTCCTGGTACCCAGACATTTC
fq1文件：左端reads的fastq数据
格式例如，
@A00151:255:HNMLKDSXY:4:1101:8314:7467 1:N:0:TGAGGC
GTCACGCCGTCTCCTCATCTCGGCTCTCTCACCATGCAGTGGTCGAGGGCCGCGCTTTCTTACACCCGGGGAGAGGGGATTCCGGGCGGCGGGGTGCCCGGGACGAGGGAGGCCGGTGCCGCCGCGTTGCCGGCCGCGGGACGCGGTTGCC
+
FFFFFFFFFFFFF,:,FFFFFFFFFF:FFFFFFFF,FF:F,,FFFFFF,FFF::FF,:FF::F,FF,,FFFFF,,::FFFFFFFFFFFF::FFFFFFF:FF:FFFFF:FFFFFF::FF:FFFF:FFFFF:F:FFFFF,:,:F,FFFF,,:F
fq2文件：右端reads的fastq数据
格式例如，
@A00151:255:HNMLKDSXY:4:1101:8314:7467 2:N:0:TGAGGC
GGACGTCCCCATGGAGCTCCTGAGCTTACGCAGCGCCGCACGGCAACCGCGTCCGGCGTCGGCAACCGCGTCCGGTGCCCAACCGCGTCCAACGGCCGGCAACCGCGTCCCGCGGCCGGCACCGCGGCGGCACCGGCCTCCCTCGTCCCGG
+
F::F:F:FFFF:FFFFFFFF:FFFFF:FFFFFFFFFF,FFFFF:FFFFFFF,:FF,FFFFFFFF,FFFFF:FF:F::FF,FF:F,FFFFFFF,F::FF,FFFFFFFFFFF,FFF:FF:FFF,FFFFFFFFFFFFF::FF:FF:FF:FFFF,
链特异性： 包括无、FR、RF
结果
sam格式的比对结果
